Для создания архива .zip, защищенного паролем, необходимо выполнить команду:

$ zip -e archive.zip directory/

После ввода команды zip попросит дважды ввести пароль.

Для распаковки архива достаточно воспользоваться командой unzip:

$ unzip -P password archive.zip

Если использовать unzip без аргументов, архиватор сам предложит ввести пароль.